日本位于亚欧板块与太平洋板块的交界处，环太平洋火山地震带穿过该国，使其成为一个多山的岛国。山地和丘陵占据了日本总面积的71%，大多数山脉都是火山。

日本的气候类型为温带海洋性季风气候，四季分明且多雨。6月份常有多雨的梅雨季节，夏秋季节则容易受到台风的影响。由于纬度跨度大，日本南北部的气温差异显著。

在自然资源方面，日本的矿产资源相对匮乏，主要依赖进口满足工业需求，但日本在森林和渔业资源方面却十分丰富。森林覆盖率高达69%，是世界上覆盖率最高的国家之一。北海道和日本海的大渔场是世界知名的水产基地，种类繁多的鱼类资源丰富。

日本的植物种类繁多，本土生长的植物种类达到约5560种，包括4720种被子植物、40种裸子植物和800种蕨类植物。其中，约1950种被子植物和裸子植物是本土原生植物，占所有本土被子植物和裸子植物的35%。