运费不能抵扣的情况主要有以下几种：

1. 非生产经营活动中的运费。当运费支出不是用于企业的生产经营活动，例如个人购物运输费用，这种费用是不允许抵扣的。因为抵扣的运费必须是与企业生产经营有关的费用，这样才能享受税收优惠。

2. 违规操作或违法行为产生的运费。如果企业的运输行为存在违规操作或违法行为，如未按规定进行税务登记、未开具正规发票等，则产生的运费不能用于抵扣税款。企业应遵守税收法规，确保运输业务的合法性。

3. 福利性质的运费支出。如果运费是作为企业给予员工的福利而发生的，那么这部分运费也不能抵扣税款。因为福利性质的支出不属于企业的生产经营成本，不能作为企业成本进行税务抵扣。

4. 非正常损失的货物产生的运费。如果企业的货物因非正常损失而导致损失，与之相关的运费也不能抵扣。因为非正常损失不属于企业的正常经营损失，因此不能享受税收抵扣政策。企业应对货物损失进行区分，确保只有正常经营损失才能享受相关税收优惠政策。

以上情况是企业在进行税务处理时需要注意的，要确保运费的合理使用和合规抵扣，避免不必要的税务风险。