早稻田大学的名字来源，如校徽所示的“枣两束稻穗间嵌上大学二字”，体现了其起源。于日本明治时代，由大隈重信于1882年在东京郊区一片稻田里创立的东京专门学校，就是其前身。建校初期，政治派系纷争，大隈重信不便介入学校事务，由其子大隈英磨担任校长。校内仅设有政治经济、法律、理学及英语四科，规模有限，设施简陋。在校生仅80名，教员11名，主要建筑物包括两层楼教室、宿舍各一幢和食堂。1890年增设文学科，为日后文学部的强大奠定了基础。1902年改名为早稻田大学，正式成立大学学部和专业学部，四学科并入大学学部。随着教育规模和机构不断扩张，学校超越了专科学校范畴。1907年，学校体制改革，废除校长-学监制，改行总长-校长制。大隈重信就任首任总长，将自家大量房产等地产全部捐献给学校。原有学科均升级为学部，增设了理工技术学科，研究生院成立，研究生招生规模扩大。至此，早稻田大学具备了综合性大学完整的体系和学科类别。

历经日本关东大地震和第二次世界大战的破坏，早稻田大学仍顽强存续。战后，早稻田大学迎来了新生，清除军国主义教育思想，办学规模显著扩大。适应战后大规模经济复兴的需要，在全日制招生的同时，开设夜校班、函授班。研究生教育蓬勃发展，系科均设立博士课程。学校机构相应扩充，增设体育局、国际部，加强海外交流与留学生选拔。研究所如雨后春笋般建立，成为今日拥有5万名学生、3000名教师、9个学部、12个研究中心及研究所、附属学校的大型综合性大学，成为日本私学之首。