在端平元年，即公元1234年，曾从龙被任命为资政殿大学士，并兼知枢密院事。在那场被称为三京之役的战斗中，曾从龙敏锐地预见了元兵的轻率进击与容易撤退的态势，不久后，他的预言便得到证实。因此，他晋升为参知政事，以枢密使的身份负责监督和管理江淮、荆襄地区的军事事务。

他向朝廷上奏，鉴于边疆地域辽阔，声援难以及时抵达，他建议建立两个据点以增强防御。理宗皇帝采纳了他的建议，曾从龙得以专注于江淮地区的事务，与魏了翁共同管理督府。然而，蒙古军队开始对江淮、荆襄地区虎视眈眈，曾从龙积极备战，尽力筹措防御措施。

然而，主和派以财政困难为由，迫使宋理宗召回了曾从龙，这无疑阻碍了他的军事抱负。怀着满腔的遗憾和愤慨，曾从龙因忧愤成疾，在第二年离开了人世。他被追赠为少师，封号清源郡公，他的贡献和遗憾成为历史的一部分。