聘退休教师开3000要上个人所得税吗？

不用，3500元以上才交个税。

食堂账务怎么做，用分开嘛？

食堂如果不独立核算就可以不分开核算，用明细科目区分一下。如果承包出去或需要独立核算，就应该分别建账，分开处理。

幼儿园如果是营利组织（民营企业），执行企业会计准则或小企业会计准则；如果是非营利（福利性质的）执行民间非营利组织会计制度。

房租，老板的车费用怎么处理？

如果是企业

借：管理费用-房租

管理费用-交通费

贷：银行存款 / 库存现金 等

如果是民非组织

借：业务活动成本-房租

管理费用-交通费

贷：银行存款 / 库存现金 等

你的问题太大，所以一直无人回答，拆分一下问题，也许就有答案了。