环境成本只有纳入企业会计核算体系，才能加以控制。会计核算体系则应根据环境成本的不同情况，进行不同的会计处理： 本期发生的仅与本期相关的支出，发生时借记“环境成本”，贷记“银行存款”等。本期发生的不仅仅与本期相关的支出，可分以下两种情况：

（1）预付待摊。受益期在一个会计年度以内的，发生时借记“待摊费用——环境支出”，贷记“银行存款”等；摊销时借记“环境成本”，贷记“待摊费用——环境支出”。当摊销期限超过一个会计年度时，“待摊费用”改为“递延资产”；期末转入本年利润，借记“本年利润”，贷记“环境成本”。

（2）预提待付。发生时借记“环境成本”，贷记“预提费用”；付款或结清时，借记“预提费用”，贷记“银行存款”；期末转入本年利润，借记“本年利润”，贷记“环境成本”。