事业单位年终会计结账流程主要包括以下步骤：

1. 将“事业收入”的贷方余额全部转入“事业结余”科目。

2. 将“经营收入”的贷方余额全部转入“经营结余”科目。

3. 将附属单位缴款的贷方余额全部转入“事业结余”科目。

4. 将其他收入的贷方余额全部转入“事业结余”科目。

5. 将拨出经费的借方余额全数转入“事业结余”科目。

6. 将本期的“经营支出”和“销售税金”转入“经营结余”账户。

7. 将“上缴上级支出”的借方余额全数转入“事业结余”账户。

8. 将“对附属单位补助”的借方余额全数转入“事业结余”账户。

9. 将结转自筹基建的余额全数转入“事业结余”账户。

经营结余贷方余额代表实现的经营盈利，借方余额代表经营亏损。若盈利，则将经营结余转入结余分配；若亏损，则从结余分配转入经营结余。

结转事业结余差额，若为盈余，则将事业结余转入结余分配；若为超支，则从结余分配转入事业结余。