昌吉职业技术学院有很多受欢迎的专业，其中包括药学、电气自动化技术、护理、机电一体化技术、自动化生产设备应用、电子信息工程技术、机电设备维修与管理、机械制造与自动化、焊接技术、电力系统自动化技术等。这些专业都是该校的王牌专业，可以算得上是最好的一些专业了。