根据职责设定，重庆市南川区畜牧兽医局设有两个职能科（室）：

（一）办公室（副科级）：

办公室协助局领导处理日常事务，负责机关政务和业务工作，包含文秘、会务、档案、保密、信访、政务信息、内保、宣传报道、议提案办理等事务。此外，办公室负责制定机关内部管理规章制度并监督执行，处理人事、劳资、技术职称申报和群团工作。还负责离退休人员的管理、党务、综合治理、计划生育、精神文明建设，以及车辆管理、安全保卫等后勤服务工作。办公室还负责编制畜牧业中长期发展规划、年度计划、专项计划，制定基层畜牧兽医站的发展规划和建设计划，并组织实施，制定基层畜牧兽医站及人员管理办法，制定畜牧业生产、防疫、检疫、产业发展目标，组织考核和评比基层畜牧兽医站及人员完成目标任务，承担全区基层畜牧站的具体管理职能。

（二）计划财务审计科（副科级）：

该科负责制定畜牧业固定资产投资、技术改造、建设项目的计划、规划。负责畜牧业投资项目的综合平衡、立项、论证、下达及监督实施。负责编报和执行畜牧兽医局、局属单位、派出机构的部门财政预算，管理人员保险，管理局管各项资金，负责局机关财务管理工作。此外，该科还指导畜牧业行业和局属单位的财务会计管理工作，对局机关和直属单位的财务收支及其经济效益进行内部审计监督，组织对局属单位法人代表的经济责任和离任审计。该科还监督管理局属单位的国有资产保值增值，行使直属单位国有资产产权代表职责，并指导全区基层畜牧站财务建设与发展，对基层畜牧兽医站的财务进行审计。