收费标准和使用范围不同。

1、收费标准，由于其所属行业或单位的不同，山东省机械台班费和水利部机械台时费的收费标准可能不同，山东省机械台班费的收费标准与当地市场供求关系等因素有关，而水利部机械台时费的收费标准与该部门内部相关规定有关。

2、使用范围，山东省机械台班费主要针对山东省境内的机械设备使用者，而水利部机械台时费则主要针对水利部门内的机械设备使用者，两者的使用范围存在一定的差异。